GRASS/R: Porovnání verzí
| Řádek 225: | Řádek 225: | ||
* [http://grass.osgeo.org/newsletter/GRASSNews_vol3.pdf GRASS Newsletter vol. 3] | * [http://grass.osgeo.org/newsletter/GRASSNews_vol3.pdf GRASS Newsletter vol. 3] | ||
** Roger Bivand: Interfacing GRASS 6 and R | ** Roger Bivand: Interfacing GRASS 6 and R | ||
* [http://www.osgeo.org/files/journal/final_pdfs/OSGeoJournal_vol1.pdf OSGeo Journal Volume 1] | |||
** Roger Bivand: Using R - GRASS interface | |||
{{GFOSS}} | {{GFOSS}} | ||
{{GRASS}} | {{GRASS}} | ||
Verze z 28. 11. 2009, 20:36
Tato stránka je věnována propojení GRASS GIS a R.
R je programovací jazyk a prostředí určené pro statistickou analýzu dat a jejich grafické zobrazení. Jde o implementaci programovacího jazyka S pod svobodnou licencí. R již předstihlo počtem uživatelů komerční S a stalo se faktickým standardem v řadě oblastí statistiky.
Používá se z příkazové řádky, existuje však několik frontendů s grafickým rozhraním jako RKWard, R Commander nebo rozšíření do OpenOffice.org Calcu R4Calc.
R bývá také propojováno či využíváno v komerčních softwarech, např. v prostředí PASW mohou uživatelé přímo psát a spouštět programy v jazyce R nad otevřenými daty.
Další informace na wikipedii.
Balíčky pro analýzu geoprostorových dat
R nabízí až více než 2000 různých rozšíření (tzv. balíčku) specializovaných na různé analýzy dat. My se zaměříme na balíčky určené pro práci s geoprostorovými (většinou obrazovými) daty.
- sp - základní balíček definující třídy a metody pro práci s prostorovými daty
- maptools - manipulace s prostorovými objekty
- maps - vykreslování map
- spatial - Kriging
- spatstat - analýza bodových výskytů
- splancs - analýza bodových výskytů v čase
- spdep - autokorelace prostorových objektů
- gstat - geostatistické modelování
- geoR - analýza geostatistických dat
- fields - analýza geoprostorových dat
- spatialCovariance - výpočet kovariační matice prostorových dat
- RArcInfo - import dat ve formátu ArcInfo Coverage
- shapefiles - čtení a zápis ESRI Shapefile
- RColorBrewer - tabulky barev optimalizované pro tématické mapy
- spgrass6 - rozhraní pro GRASS GIS 6+
| Datový typ | Třída | Rodičovská třída |
|---|---|---|
| body | SpatialPoints | Spatial |
| pixely | SpatialPixels | SpatialPoints |
| mřížka | SpatialGrid | SpatialPixels |
| linie | SpatialLines | Spatial, Line |
| hranice | SpatialRings | SpatialLines |
| polygon | SpatialPolygons | Spatial, Polygon |
spgrass6
Spgrass6 je rozšířením balíčku sp a je koncipován jako rozhraní pro moduly GRASS GIS 6. Přístup k datům v nativním formátu GRASS je zajištěn balíčkem rgdal.
Instalace
$ R
> install.packages(c("sp", "rgdal", "spgrass6"), dependencies = TRUE)
Spuštění
Z příkazové řádky GRASS GIS spustíme interpret R.
GRASS 6.5.svn (nc_spm_08):~ > R
Dále nahrajeme balíček spgrass6 a všechny jeho závislosti.
> library(spgrass6)
Loading required package: sp Loading required package: rgdal Geospatial Data Abstraction Library extensions to R successfully loaded Loaded GDAL runtime: GDAL 1.7.0dev, released 2008/11/26 Path to GDAL shared files: /usr/local/share/gdal Loaded PROJ.4 runtime: Rel. 4.6.1, 21 August 2008 Path to PROJ.4 shared files: (autodetected) Loading required package: XML GRASS GIS interface loaded with GRASS version: 6.5.svn and location: nc_spm_08
Pro spuštění GRASS modulů se používá funkce system, např.
> system('g.region -p')
projection: 99 (Lambert Conformal Conic) zone: 0 datum: nad83 ellipsoid: a=6378137 es=0.006694380022900787 north: 227412.33194791 south: 223694.5675084 west: 635197.26282579 east: 639950.9754717 nsres: 9.99399043 ewres: 10.0078161 rows: 372 cols: 475 cells: 176700
Přístup k rastrovým datům
Nejprve nastavíme region.
> system('g.region rast=elevation')
Na základě rastrové vrstvy bude vytvořen objekt 'SpatialGridDataFrame'.
> elev <- readRAST6('elevation')
Základní informace o objektu poskytuje funkce summary().
> summary(elev)
Object of class SpatialGridDataFrame
Coordinates:
min max
x 630000 645000
y 215000 228500
Is projected: TRUE
proj4string :
[+proj=lcc +lat_1=36.16666666666666 +lat_2=34.33333333333334
+lat_0=33.75 +lon_0=-79 +x_0=609601.22 +y_0=0 +no_defs +a=6378137
+rf=298.257222101 +towgs84=0.000,0.000,0.000 +to_meter=1]
Number of points: 2
Grid attributes:
cellcentre.offset cellsize cells.dim
x 630005 10 1500
y 215005 10 1350
Data attributes:
Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max.
55.58 94.79 108.90 110.40 126.80 156.30
V případě klasifikovaných rastrových dat použijeme parametr 'CAT', např.
> lu <- readRAST6('landuse96_28m', cat = TRUE)
> summary(lu)
Object of class SpatialGridDataFrame
Coordinates:
min max
x 630000 645000
y 215000 228500
Is projected: TRUE
proj4string :
[+proj=lcc +lat_1=36.16666666666666 +lat_2=34.33333333333334
+lat_0=33.75 +lon_0=-79 +x_0=609601.22 +y_0=0 +no_defs +a=6378137
+rf=298.257222101 +towgs84=0.000,0.000,0.000 +to_meter=1]
Number of points: 2
Grid attributes:
cellcentre.offset cellsize cells.dim
x 630005 10 1500
y 215005 10 1350
Data attributes:
not classified High Intensity Developed
9 283200
Low Intensity Developed Cultivated
309088 17347
Managed Herbaceous Cover Riverine/Estuarine Herbaceous
205883 246
Evergreen Shrubland Deciduous Shrubland
133042 2596
Mixed Shrubland Mixed Hardwoods
356 64058
Bottomland Hardwoods/Hardwood Swamps Southern Yellow Pine
159491 524056
Mixed Hardwoods/Conifers Water Bodies
274120 42854
Unconsolidated Sediment NA's
1610 7044
Poznámka: Statistika kategorií odpovídá příkazu r.stats -lc.
> system('r.stats -lc input=landuse96_28m --q')
0 not classified 9 1 High Intensity Developed 283200 2 Low Intensity Developed 309088 3 Cultivated 17347 4 Managed Herbaceous Cover 205883 6 Riverine/Estuarine Herbaceous 246 7 Evergreen Shrubland 133042 8 Deciduous Shrubland 2596 9 Mixed Shrubland 356 10 Mixed Hardwoods 64058 11 Bottomland Hardwoods/Hardwood Swamps 159491 15 Southern Yellow Pine 524056 18 Mixed Hardwoods/Conifers 274120 20 Water Bodies 42854 21 Unconsolidated Sediment 1610 * no data 7044
Přístup k vektorovým datům
Externí odkazy
- R, GRASS, and Spatial Analysis
- GRASS Newsletter vol. 3
- Roger Bivand: Interfacing GRASS 6 and R
- OSGeo Journal Volume 1
- Roger Bivand: Using R - GRASS interface